Odborné články

2009

- Zrzavý J., Říha P., Piálek L. & Janouškovec J. 2009: Phylogeny of Annelida (Lophotrochozoa): total-evidence analysis of morphology and six genes. BMC Evol. Biol. 9: 189 (1-14)

2008

- Robovský J., Řičánková V. & Zrzavý J. 2008: Phylogeny of Arvicolinae (Mammalia, Cricetidae): utility of morphological and molecular datasets in a recently radiating clade. Zool. Scr. 37: 571-590

2007

- Fric Z., Wahlberg N., Pech P. & Zrzavý J. 2007: Phylogeny and classification of the Phengaris-Maculineaclade (Lepidoptera: Lycaenidae): total evidence and phylogenetic species concepts. Syst. Entomol. 32: 558-567

- Traut W., Szczepanowski M., Vítková M., Opitz C., Marec F. & Zrzavý J. 2007: The telomere repeat motif of basal Metazoa. Chromosome Res. 15: 371-382

2006

- Veselý P., Veselá S., Fuchs R. & Zrzavý J. 2006: Are gregarious red-black shieldbugs (Graphosoma lineatum, Hemiptera: Pentatomidae) really aposematic? An experimental approach. Evol. Ecol. Res. 8: 881-890

2005

- Konopová B. & Zrzavý J. 2005: Ultrastructure, development and homology of insect embryonic cuticles. J. Morphol. 264: 339-362

- Vítková M., Král J., Traut W., Zrzavý J. & Marec F. 2005: The evolutionary origin of insect telomeric repeats, (TTAGG)n. Chromosome Res. 13: 145-156

2004

- Fric Z., Konvička M. & Zrzavý J. 2004: Red & black or black & white? Phylogeny of the Araschniabutterflies (Lepidoptera: Nymphalidae) and evolution of seasonal polyphenism. J. Evol. Biol. 17: 265-278

- Janda M., Folková D. & Zrzavý J. 2004: Phylogeny of Lasius ants based on mitochondrial DNA and morphology, and the evolution of social parasitism in the Lasiini (Hymenoptera: Formicidae). Mol. Phylogen. Evol. 33: 595-614

- Pech P., Fric Z., Konvička M. & Zrzavý J. 2004: Phylogeny of Maculinea blues (Lepidoptera: Lycaenidae) based on morphological and ecological characters, and the evolution of parasitic myrmecophily. Cladistics 20: 362-375

- Zrzavý J. & Řičánková V. 2004: Phylogeny of Recent Canidae (Mammalia, Carnivora): relative reliability and utility of the morphological and molecular datasets. Zool. Scr. 33: 311-333

2003

- Zrzavý J. 2003: Gastrotricha and the metazoan phylogeny. Zool. Scr. 32: 61-81

- Zrzavý J. & Hypša V. 2003: Myxozoa, Polypodium, and the origin of the Bilateria: the phylogenetic position of "Endocnidozoa" in light of the rediscovery of Buddenbrockia. Cladistics 19: 164-169

- Rexová K., Frynta D. & Zrzavý J. 2003: Cladistic analysis of languages: Indo-European classification based on lexicostatistical data. Cladistics 19: 120-127

2002

- Hypša V., Tietz D.F., Zrzavý J., Rego R.M., Galvăo C. & Jurberg J. 2002: Phylogeny and biogeography of Triatominae (Hemiptera: Reduviidae): molecular evidence of a New World origin of the Asiatic clade. Mol. Phylogen. Evol. 23: 447-457

2001

- Zrzavý J. 2001: Ecdysozoa versus Articulata: clades, artifacts, prejudices. J. Zool. Syst. Evol. Res. 39: 159-163

- Zrzavý J. 2001: The interrelationships of metazoan parasites: a review of phylum- and higher-level hypotheses from recent morphological and molecular phylogenetic analyses. Folia Parasitol. 48: 81-103

- Zrzavý J., Hypša V. & Tietz D.F. 2001: Myzostomida are not annelids: molecular and morphological support for a clade of animals with anterior sperm flagella. Cladistics 17: 170-198

1999

- Zrzavý J. & Nedvěd O. 1999: Evolution of mimicry in the New World Dysdercus (Insecta: Hemiptera: Pyrrhocoridae). J. Evol. Biol. 12: 956-969

Populární články

- několik desítek článků ve Vesmíru, Respektu, Hospodářských novinách, Lidových novinách apod.

Monografie

2009

- Zrzavý J., Storch D. & Mihulka S. 2009: 

2008

- Burda H., Hilken G. & Zrzavý J. 2008: Systematische Zoologie. UTB Basics, Verlag Eugen Ulmer, Stuttgart

2006

- Zrzavý J. 2006: Fylogeneze živočišné říše. Scientia, Praha

2004

- Zrzavý J., Storch D. & Mihulka S. 2004: Jak se dělá evoluce: Od sobeckého genu k rozmanitosti života. Paseka, Praha

- Zrzavý J. 2004: Proč se lidé zabíjejí: Evoluční okno do lidské duše. Triton, Praha