Výzkum se zaměřuje na teoretické otázky ekologie a fyziologie prakticky užitečných a oblíbených brouků. Termální melanizmus některých druhů zajišťuje spolužití světlých i tmavých forem, zkoumá se přímý vliv teploty na vybarvení jedince (viz článek "Jak se dělá tečkování"). Veliká šířka hostitelského spektra (zejména druhů živících se mšicemi) zahrnuje i druhy potravy suboptimální, ba i jedovaté. Měříme zejména délku vývoje a velikost výsledného dospělce při krmení různou potravou a zjišťujeme, že si slunéčka vybírají druhy méně vhodné. Zkoumáme účinnost chemické obrany slunéček proti hmyzožravým ptákům, mravencům a jiným živočichům. Díky přítomnosti barevných forem můžeme sledovat samičí výběr a kompetici spermií od různých otců. V rámci celoevropského projektu monitorujeme průběh invaze asijského druhu Harmonia axyridis v České republice.
Podzemní hlodavci jsou živočichové dokonale přizpůsobeni podmínkám panujícím v půdě, kteří se jen velmi zřídka objevují na povrchu. K nejznámějším „podzemníkům“ patří afričtí rypoši a to zejména diky celé řadě nejrůznějších morfologických, smyslových a fyziologických adaptací na podzemní život. Unikátní je i různorodost jejich sociálního života, která je pro ostatní podzemní savce netypická. Naše aktivity jsou zaměřeny na dosud málo známé samotářské či naopak velmi sociální druhy ze savan a lesnatých oblastí východní Afriky. Viz též http://africanrodents.prf.jcu.cz/
Studujeme jak se ptáci vypořádavají s nebezpečím jemuž musí v přírodě čelit. Zajímají nás především dva hlavní aspekty, jak ptáci reagují na nevhodnou až nebezpečnou kořist a dále jak se ptáci brání svým predátorům. Kromě popisu těchto vztahů se soustřeďujeme na procesy díky nimž ptáci své nepřátele rozpoznávají. Experimenty probíhají jak v terénu tak v laboratoři, jak v létě (pokusy u hnízd), tak v zimě (krmítka). Našimi vlajkovými druhy ptáků jsou sýkora koňadra (Parus major) a ťuhýk obecný (Lanius collurio), nicméně věnujeme pozornost i dalším (jiné druhy sýkor, pěnkavovití, vrabci). Více informací naleznete na našich webových stránkách.
Primáti jsou jako nejbližší příbuzní člověka populární skupinou pro studium mnoha fenoménů jak z oblasti zoologie tak antropologie. Na katedře zoologie PřF probíhá několik výzkumů týkající ekologie a etologie primátů.
Naše pozornost je soustředěna na schopnosti savců, především hlodavců, vypořádat se s orientačními úlohami. V současnosti např. řešíme schopnosti orientace ve zcela monotónním prostředí, kde zvíře se nemůže spolehnout na žádný orientační bod. Hraboši a myši ukazují různé strategie hledání a schopnosti se učit novým hledacím vzorům. U hlodavců extrémně specializovaných na podzemní prostředí – rypošů – studujeme význam jednotlivých smyslových orgánů pro orientaci a komunikaci.
Fragmentace habitatů, rozdrobování prostředí antropogenními faktory vede často také u živočichů k fragmentaci do subpopulací a k určitým populačně-genetickým důsledkům, o nichž přesně nevíme, jestli jsou obecně negativní. V naší krajině máme několik ukázkových druhů (sysel obecný, plch zahradní), u kterých neznáme bezpečně příčinu jejich výrazného ústupu a prověřujeme hypotézu, že izolovanost vede k inbrední depresi - ke snížení životaschopnosti jedinců v subpopulacích. Tuto problematiku bude ovšem nutné také studovat u druhů, které v současnosti prosperují, přičemž ale existují u nich současně i separované subpopulace. Toto badatelské zaměření tak přináší poznatky uplatnitelné také bezprostředně v ochranářské praxi.
Savci jsou vzhledově velice rozmanitou skupinou a přes jejich atraktivitu zůstávají mnohé otázky nedořešené. Z hlediska systematické zoologie se u mnohých taxonů diskutuje, zda a jak moc jsou od sebe odlišné a jaké jsou jejich příbuzenské vazby (od úrovně poddruhů po velké skupiny). Náš výzkum se zaměřuje na hledání příbuzenských vazeb u řady skupin savců (šelmy, hlodavci, kopytníci apod.), a to na základě co nejširšího spektra znaků (ideálně kombinace morfologických, chromozomálních, behaviorálních dat s molekulární výpovědí více informativních genů).
Výzkum 
Podzemní hlodavci jsou živočichové dokonale přizpůsobeni podmínkám panujícím v půdě, kteří se jen velmi zřídka objevují na povrchu. K nejznámějším „podzemníkům“ patří afričtí rypoši a to zejména diky celé řadě nejrůznějších morfologických, smyslových a fyziologických adaptací na podzemní život. Unikátní je i různorodost jejich sociálního života, která je pro ostatní podzemní savce netypická. Naše aktivity jsou zaměřeny na dosud málo známé samotářské či naopak velmi sociální druhy ze savan a lesnatých oblastí východní Afriky. Viz též 
Primáti jsou jako nejbližší příbuzní člověka populární skupinou pro studium mnoha fenoménů jak z oblasti zoologie tak antropologie. Na katedře zoologie PřF probíhá několik výzkumů týkající ekologie a etologie primátů.
Naše pozornost je soustředěna na schopnosti savců, především hlodavců, vypořádat se s orientačními úlohami. V současnosti např. řešíme schopnosti orientace ve zcela monotónním prostředí, kde zvíře se nemůže spolehnout na žádný orientační bod. Hraboši a myši ukazují různé strategie hledání a schopnosti se učit novým hledacím vzorům. U hlodavců extrémně specializovaných na podzemní prostředí – rypošů – studujeme význam jednotlivých smyslových orgánů pro orientaci a komunikaci.
Fragmentace habitatů, rozdrobování prostředí antropogenními faktory vede často také u živočichů k fragmentaci do subpopulací a k určitým populačně-genetickým důsledkům, o nichž přesně nevíme, jestli jsou obecně negativní. V naší krajině máme několik ukázkových druhů (sysel obecný, plch zahradní), u kterých neznáme bezpečně příčinu jejich výrazného ústupu a prověřujeme hypotézu, že izolovanost vede k inbrední depresi - ke snížení životaschopnosti jedinců v subpopulacích. Tuto problematiku bude ovšem nutné také studovat u druhů, které v současnosti prosperují, přičemž ale existují u nich současně i separované subpopulace. Toto badatelské zaměření tak přináší poznatky uplatnitelné také bezprostředně v ochranářské praxi.
Savci jsou vzhledově velice rozmanitou skupinou a přes jejich atraktivitu zůstávají mnohé otázky nedořešené. Z hlediska systematické zoologie se u mnohých taxonů diskutuje, zda a jak moc jsou od sebe odlišné a jaké jsou jejich příbuzenské vazby (od úrovně poddruhů po velké skupiny). Náš výzkum se zaměřuje na hledání příbuzenských vazeb u řady skupin savců (šelmy, hlodavci, kopytníci apod.), a to na základě co nejširšího spektra znaků (ideálně kombinace morfologických, chromozomálních, behaviorálních dat s molekulární výpovědí více informativních genů).